Етапи становлення:
1895 р. 1 липня — засноване Ніжинське ремісниче училище.
1900 р. 1 липня — училище перейменовано в Ніжинське технічне училище iменi О.Ф. Кушакевича.
1920 р. — на базі училища створено Ніжинський політехнікум.
1922 р. — політехнікум реорганізовано в хіміко-механічний технікум, згодом в агро-технікум з відділенням сільсько-господарського машинобудування.
1929 р. — агротехнікум реорганізовано в індустріальний технікум.
1933 р. — створено Ніжинський технікум механізації сільського господарства.
1993 р. — наказом Міністерства сільського господарства і продовольства України від 04.08.93 №214 технікум реорганізовано в Ніжинський агротехнічний коледж.
1996 р. — Постановою Кабінету Міністрів України від 23.04.96 №448 коледж передано до сфери управління Національного аграрного університету.
2001 р. — Постановою Кабінету Міністрів України від 16.05.2001 №508 утворено Ніжинський агротехнічний інститут, що діє в складі Національного аграрного університету.
2005 р. — рішенням ДАК від 21.06.2005, протокол №56 (наказ МОН України від 30.06.2005 р. №1858-Л) інститут визнано акредитованим в цілому за третім рівнем.
2006 р. — наказом ректора Національного аграрного університету від 19.06.2006 №392 створено відокремлений структурний підрозділ Національного аграрного університету "Ніжинський агротехнічний інститут”.
2008 р. — Постановою Кабінету Міністрів України від 30.10.2008 р. № 945 та наказом Національного університету біоресурсів і природокористування України від 15.12.2008 р. Відокремлений структурний підрозділ Національного аграрного університету "Ніжинський агротехнічний інститут” перейменований у Відокремлений підрозділ Національного університету біоресурсів і природокористування України "Ніжинський агротехнічний інститут”.