Дванадцять років тому гімназія починалась як мрія про школу, де пануватиме культ духовності — ідеалів, знань, переконань, єдності слова і діла, краси помислів і вчинків, професіоналізму і патріотизму, культури мислення, почуттів і життєдіяльності. Творці нового закладу знали: якщо плекатимемо той дух — буде гімназія! Сьогодні незвичну, особливу атмосферу відчуває кожен, хто заходить до гімназії. Поряд усміхнені чи заклопотані, схвильовані чи замислені, радісно натхненні чи стурбовані обличчя гімназистів і вчителів. Чіткі ритми, дивовижна злагодженість, енергія радісної праці ніби готує тебе напитися з чистих джерел. А те перше джерело — рідна українська мова: у гімназії спілкуються лише українською... Усе навколо плекає в тобі дух українства, дух незалежної й самостійної України, нової і сильної держави, якою ти прагнеш її бачити і створити.
Директор гімназії № 16 м. Ніжина Крутько Людмила Борисівна переконана: успіх у кожного свій є і ще буде в житті, бо кожен з нас — це унікальний, неповторний світ. І навколо безліч світів... Мабуть для того й освіта, щоб людина могла їх відкривати, гармонійно в собі поєднати, світлом духовності зігріти, світом добра зробити.
Педагогічна праця гімназії № 16 за своїм змістом і результативністю спрямована на реалізацію основних завдань, а саме:
Забезпечення виконання законів України „Про освіту”, „Про загальну середню освіту”, „Національної доктрини розвитку освіти”, дотримання Конституції України.
Створення комфортних умов для навчання, виховання та розвитку учнів.
Відпрацювання поетапного переходу на новий зміст, структуру освіти, 12-річний термін навчання.
Формування в процесі навчання особистості, здатної до самоосвіти, саморозвитку та самовдосконалення.
Забезпечення оптимальних умов для інтелектуального розвитку учнів.
Реалізація принципів гуманізації та індивідуалізації в навчальному процесі, принципів диференціації навчання відповідно до вимог концепції національної школи, державних стандартів, концепції профільного навчання.