Кожній людині з колиски притаманна допитливість. Усвідомивши себе часточкою суспільства, дитина прагне дізнатися, що було на рідній землі до неї, які мешкали тут люди, чого прагнули, про що мріяли. Без пізнання минулого не можна зрозуміти сучасного, бо пізнати Всесвіт можна лише тоді, коли вивчиш історію рідної землі, своєї маленької батьківщини.
На колишній вулиці Роменській, потім Першого Травня, поруч з мурованою Василя Великого церквою у 1906 році була відкрита церковно-приходська школа.
Приміщення складалося з двох класних кімнат та двох кімнат-квартир для вчителів. Навчання велося російською мовою. Основними предметами були Закон Божий, арифметика цілих чисел та граматика російської мови. Навчалися в школі хлопчики.
Школа № 12 заснована в 1920 році як єдина трудова школа в кількості 3 груп ( 0, 1, 2).
Позитивним явищем радянської школи була поява в ній дівчат, так в 1921 році в школі № 12 навчалось 26 хлопців і 36 дівчат.
На початку 20-х років ніжинські школи були поділені за національною ознакою. Школа №12 була перетворена в єврейську, адреса її була: вул. Червоних Партизанів, 33. В 1923 році в школі навчалось 280 учнів, з них 128 хлопців і 152 дівчат, в шкільній бібліотеці було 200 книг, що стосується наочних приладів, то їх майже не було. В 1938 році школа №12 з єврейської була перетворена на українську, адреса її напередодні війни вже була вул. Дрогінська (тепер ім. І. Франка).
13 вересня 1941 року о 8 годині ранку німецько-фашистські війська окупували Ніжин і одразу ж стали наводити свій „ новий порядок ". Весною 1942 року було відкрито 6 так званих «народних шкіл», які налічували усього 4 класи, де учні вивчали українську мову, німецьку мову, гімнастику, ручну працю. Одна з таких шкіл розташовувалась в будівлі школи №12. Заняття часто припинялися, бо приміщення займали нові військові частини, які з’являлись в Ніжині. Не було палива, а тому окупанти спалювали парти, столи та шкільні прилади.
15 вересня 1943 року Червона Армія звільнила Ніжин від німецько-фашистських окупантів. Через декілька тижнів відновились заняття в учбових закладах. За парти сіло 2136 учнів. Директором школи №12 була в ті роки Трегубова Оксана Миколаївна.
Незважаючи на тяжкі матеріальні умови, вчителі школи №12 наполегливо працювали над благородною справою навчання та виховання учнів. Ще в середині 20-х років школа №12 була перетворена в семирічну школу, після звільнення від німецьких загарбників в жіночу семирічну школу. Протягом 1949-1950 навчального року школа №12 за успішністю і якістю дисципліни посіла друге місце серед шкіл Ніжина (перше-школа №1). Директор в той час був Гончар.
Із середини 60-х років при керівництві школою Петрусевичем П.О. школа поліпшувала умови для навчання, виховання та розвитку учнів: добудовано 2 класні кімнати в основному приміщенні, збудована майстерня, запрацювала група продовженого дня, відкрито два буфети.
З 1962 року школа працювала як восьмирічна. Вона давала основи загальноосвітніх знань про природу і суспільство, здійснювала моральне, трудове, фізичне й естетичне виховання, допомагала школярам виявляти свої здібності й обрати майбутню професію.
Учні не тільки навчалися, а й під керівництвом педагогів брали участь у різноманітних позакласних заходах, працювали на шкільних ділянках, розвивали творчі здібності в гуртках.
З 1989 року – неповна середня школа.
В період 1989 – 2000 року відбувається багато змін. Оновлюється інтер’єр класів, коридорів, поліпшується матеріально-технічна база. Значну матеріальну допомогу надають шефи – Ніжинський механічний завод (Латенко М.С.) та хлібозавод (Карпусь М.О.).
У 1979 році на посаду директора призначається Пашньова Т.Г., яка пропрацювала директором школи 29 років.
З 1989 року працюємо за програмою дев’ятирічної школи.
У 2001 році заклад отримав статус загальноосвітньої школи І-ІІ ступенів. Відбувається комп’ютеризація школи.
У 2008 році на посаду директора призначена Хвіст В.В.